Ebbe un’educazione religiosa forte e a soli 14 anni entra nella Compagnia di Gesù e si reca a Roma, dove, presso il Collegio Romano, fa il suo noviziato e compie gli studi di retorica e filosofia. Contemporaneamente si dedica anche allo studio della matematica e dell’astronomia.
Rifiuta l’incarico di insegnante e ottiene di essere nominato missionario e assegnato alla residenza di Buena Esperanza nella regione degli Araucani, una etnia di nativi sparsi fra Cile e Argentina.
Fra gli Araucani padre Nicolò è sacerdote, medico, infermiere, amico e sostenitore politico nella loro causa di liberazione dalla sottomissione degli Spagnoli.
Nel 1661 è nell’arcipelago di Chiloé e anche in questo luogo si dedica con passione all’attività missionaria e anche agli studi e alle osservazioni geografiche ed astronomiche.
Nel 1669 parte per attraversare le Ande con l’intento di raggiungere il sud della Patagonia. Raggiunge la zona oggi conosciuta come “Parco nazionale Nahuel Huapi”, qui si stabilisce e fonda una nuova missione. Il ricordo di padre Nicolò è vivo: un lago porta il suo nome e il villaggio che si è sviluppato a partire dalla missione si chiama Villa Mascardi.
Il 15 febbraio 1674, durante una delle sue numerose escursioni assieme ai suoi indigeni cristianizzati, padre Nicolò è ucciso da una tribù di indios 'bravos'. Gli indigeni che lo accompagnavano riuscirono a seppellirlo per tornare, due anni più tardi, a recuperare i suoi resti che oggi riposano nella chiesa dei Gesuiti di Santiago del Cile.
